Detenido por la agencia a la que ha trabajado durante tanto tiempo. Ahora Sam Fisher está detenido e interrogado sobre un asesinato que puede o no haber cometido. Durante el tiempo en la cárcel, Sam recuerda eventos pasados durante su Navy y Third Echelon Days. Todos ellos se pueden jugar como misiones. Viaje de regreso a 1992, donde Fisher sigue siendo un Navy Seal con la misión de salvar a Douglas Shetland (que en ese momento era un oficial al mando). Y vuelva a visitar los eventos pasados de la serie Splinter Cell. Sam debe buscar en sus recuerdos quién es el que lo incriminó.