Preso pela agência a que serviu por tanto tempo. Agora Sam Fisher é levado sob custódia e interrogado sobre um assassinato que ele pode ou não ter cometido. Durante o tempo de prisão, Sam relembra eventos passados durante seus dias da Marinha e do Terceiro Escalão. Todos esses são jogáveis como missões. Viaje de volta a 1992, onde Fisher ainda é um Navy Seal com a missão de salvar Douglas Shetland (que na época era um oficial comandante). E revisite os eventos anteriores na série Splinter Cell. Sam deve pesquisar em suas memórias sobre quem o incriminou.