Arrestato dall'agenzia che ha servito per così tanto tempo. Ora Sam Fisher viene arrestato e interrogato per un omicidio che può o non può aver commesso. Durante la prigione, Sam ricorda eventi passati durante i suoi giorni della Marina e del Terzo Echelon. Tutti questi sono giocabili come missioni. Torna al 1992, dove Fisher è ancora un Navy Seal impegnato in una missione per salvare Douglas Shetland (che a quel tempo era un ufficiale in comando). E rivisita gli eventi passati nella serie Splinter Cell. Sam deve cercare nei suoi ricordi chi è quello che lo ha incastrato.