Sam Fisher es un agente de élite de Black-Ops llamado Splinter Cell. Cuando dos agentes del gobierno encubiertos en Georgia desaparecen, Sam es enviado por Third Echelon para investigar. Descubre que el presidente georgiano está conspirando con mercenarios y expertos en informática para algún tipo de plan maestro y, a pesar de que Sam interroga a varios miembros involucrados, le cuesta obtener más información, hasta que es demasiado tarde. Lo que sigue es una vorágine de conspiraciones, puñaladas políticas por la espalda y un completo pandemonio.