Sam Fisher è un agente della Black-Ops d'élite chiamato Splinter Cell. Quando due agenti governativi sotto copertura in Georgia scompaiono, Sam viene inviato dal Third Echelon per indagare. Scopre che il presidente georgiano sta cospirando con mercenari ed esperti di computer per una sorta di piano generale, e nonostante Sam abbia interrogato vari membri coinvolti, ha difficoltà a ottenere ulteriori informazioni, fino a quando non è troppo tardi. Quello che segue è un vortice di cospirazioni, pugnalate alle spalle politiche e pandemonio completo.