Después de su última misión (de Metroid 2), Samus Aran encuentra una descendencia de Metroid justo cuando escapaba del Planeta SR388. Samus Aran informa de la larva del metroide a la estación espacial Ceres. Pero mientras lo estudiaban, un temible dragón, Ridley, extermina todo excepto la larva. Aquí es donde Samus se entera de la resurrección del Planeta Zebeth.