Dopo la sua ultima missione (da Metroid 2), Samus Aran trova una prole di Metroid proprio mentre stava scappando dal pianeta SR388. Samus Aran segnala la larva metroide alla stazione spaziale di Cerere. Ma mentre lo studiavano, un temibile drago, Ridley, stermina tutto tranne la larva. È qui che Samus scopre la risurrezione del pianeta Zebeth.