Depois de sua última missão (de Metroid 2), Samus Aran encontra uma prole de Metroid quando ela estava escapando do planeta SR388. Samus Aran relata a larva metroid para a estação espacial Ceres. Mas enquanto o estudavam, um dragão temível, Ridley, extermina tudo, exceto a larva. É aqui que Samus descobre sobre a ressurreição do planeta Zebeth.