La secuela de Siphon Filter (1999) tiene lugar justo después de la primera. Aparentemente, la Agencia ha traicionado a Gabe Logan y lo incriminó por el lanzamiento del misil ICBM Khazakstani que contenía el virus Siphon Filter que fue destruido por él. Tras eso, han capturado a su compañero Lian Xing; que estaba infectado con el virus. Mientras Gabe y algunos compañeros soldados buscan refugio de la Agencia, su avión es derribado en las Montañas Rocosas de Colorado, donde Gabe y Lian intercambian historias mientras están en contacto con su amiga y ex agente de la Agencia Teresa Lipan.