A sequência de Siphon Filter (1999) se passa logo após a primeira. A Agência aparentemente traiu Gabe Logan e o incriminou pelo lançamento do míssil Khazakstani ICBM contendo o vírus do Filtro de Sifão que foi destruído por ele. Após isso, eles capturaram seu parceiro Lian Xing; que estava infectado com o vírus. Enquanto Gabe e alguns outros soldados buscam refúgio na Agência, seu avião é abatido nas Montanhas Rochosas do Colorado, onde Gabe e Lian trocam histórias enquanto mantêm contato com sua amiga e ex-agente da Agência Teresa Lipan.