Sintiendo que finalmente se han deshecho de Shredder, las Tortugas Ninja Adolescentes Mutantes se toman unas relajantes vacaciones en Key West, Florida. Un día, mientras mira la transmisión de noticias de April O'Neil, Shredder aparece, captura a April y de repente hace que la isla de Manhattan se eleve en el aire. Así que las tortugas regresan a Nueva York, pero deben derrotar a una plétora de soldados de infantería y una nueva banda de enceradores de tortugas: Rocksteady, Bebop, Groundchuck, Dirt Bag, Leatherhead, Tokka, Rahzar, Krang y el mismo Shredder. Esta no será una misión fácil. Las tortugas deben usar todo su poder de tortuga en la playa de Florida, en el océano, a bordo de un acorazado, en el puente de Brooklyn destruido, en el corazón de la ciudad que está suspendida en el cielo, en una alcantarilla, en el Technodrome, en lo alto de un rascacielos y a bordo de la nave espacial de Krang.