Sentindo que finalmente se livraram de Shredder, os Teenage Mutant Ninja Turtles tiram férias relaxantes em Key West, Flórida. Um dia, enquanto assistia ao noticiário de April O'Neil, Shredder aparece, captura April e de repente faz com que a Ilha de Manhattan se erga no ar. Assim, as tartarugas voltam para Nova York, mas devem derrotar uma infinidade de soldados de infantaria e toda uma nova gangue de depiladores de tartarugas: Rocksteady, Bebop, Groundchuck, Dirt Bag, Leatherhead, Tokka, Rahzar, Krang e o próprio Shredder! Esta não será uma missão fácil. As tartarugas devem usar todo o seu poder de tartaruga na praia da Flórida, no oceano, a bordo de um encouraçado, na destruída Ponte do Brooklyn, no coração da cidade que está suspensa no céu, em um esgoto, no Tecnódromo, no topo de um arranha-céu e a bordo da nave de Krang.