Han pasado ocho años desde que Fox McCloud derrotó al malvado Andross. Desde entonces, el equipo de Star Fox ha experimentado una lenta recesión. Falco, fiel amigo de Fox, decidió dejar el equipo en busca de nuevos desafíos. Peppy, en su vejez, dejó sus funciones como piloto para centrarse en la navegación, y Slippy hizo lo mismo, centrándose en sus desarrollos tecnológicos. Si bien Fox y sus camaradas son reconocidos como héroes, han recibido poco trabajo desde la muerte de Andross, y su barco, el Great Fox, ha visto días mucho mejores. Sin embargo, un día, cuando se acercan a Dinosaur Planet en el borde del Sistema Lylat, reciben un mensaje del General Pepper pidiéndole a Fox que investigue qué causó que el mundo comience a romperse repentinamente y encuentre una manera de solucionarlo. Al mismo tiempo, los habitantes de Dinosaur Planet están bajo el gobierno dictatorial de General Scales, con quien Fox debe enfrentarse para completar su misión. Y luego está la misteriosa Krystal, que quedó atrapada en un ...