En una sociedad clandestina creada por el hombre, los descendientes de una generación desterrada compiten por el control de la ciudad en ruinas de Lux. Ichise, una huérfana convertida en luchadora, pierde una pierna y un brazo para satisfacer a un promotor de lucha enfurecido. Al borde de la muerte es acogido por una joven doctora y utilizado como conejillo de indias para la próxima evolución de Texhnolyze. Con sus nuevas extremidades, Ichise está bajo el ala de Oonishi, un poderoso líder de Organ, una organización con cierto control sobre Lux. A medida que Ichise se adentra más en una guerra por el control territorial de la ciudad, se entera de su posible futuro gracias a la joven profeta Ran, quien lo guía desde las sombras en sus tiempos más oscuros. Con la explosión de la guerra, Ichise debe descubrir la verdad sobre Lux y luchar por su supervivencia mientras se da cuenta de su destino.