In una società sotterranea creata dall'uomo, i discendenti di una generazione bandita si contendono il controllo della fatiscente città di Lux. Ichise, un orfano trasformato in combattente, perde una gamba e un braccio per soddisfare un promotore di combattimento infuriato. Sull'orlo della morte viene accolto da una giovane dottoressa e usato come cavia per la prossima evoluzione di Texhnolyze. Con i suoi nuovi arti, Ichise viene preso sotto l'ala di Oonishi, un potente leader di Organ, un'organizzazione con una certa presa su Lux. Mentre Ichise è trascinato più a fondo in una guerra per il controllo territoriale della città, apprende del suo possibile futuro dalla giovane profeta Ran, che lo guida dall'ombra nei suoi tempi più bui. Con l'esplosione della guerra, Ichise deve scoprire la verità su Lux e combattere per la sua sopravvivenza mentre realizza il suo destino.