İnsan yapımı bir yeraltı toplumunda, sürgüne gönderilen bir neslin torunları, çökmekte olan Lux şehrinin kontrolü için rekabet eder. Yetim kalmış bir ödül dövüşçüsü olan Ichise, öfkeli bir dövüş organizatörünü tatmin etmek için bir bacağını ve kolunu kaybeder. Ölümün eşiğinde genç bir kadın doktor tarafından alınır ve Texhnolyze'nin bir sonraki evrimi için kobay olarak kullanılır. Yeni uzuvlarıyla Ichise, Lux'ı elinde tutan Organ'ın güçlü lideri Oonishi'nin kanatları altına alınır. Ichise, şehrin toprak kontrolü için bir savaşın içine çekilirken, olası geleceğini, en karanlık zamanlarında gölgelerden ona rehberlik eden genç kız peygamber Ran'dan öğrenir. Savaşın patlaması ile Ichise, Lux hakkındaki gerçeği ortaya çıkarmalı ve kaderini gerçekleştirirken hayatta kalmak için savaşmalıdır.