Hace mucho tiempo, un ser misterioso conocido como Hoborg creó un mundo llamado Neverhood, hecho completamente de una sustancia extraña conocida como "Klay". Sin embargo, Hoborg estaba solo y, usando una "semilla de vida" mística, creó un "hombre Klay" al que llamó Klogg. Sin embargo, Klogg era malvado y robó la corona mística de Hoborg, que era el secreto de su vida; sin él, cayó en un sueño profundo. Afortunadamente, Willie Trombone y su amigo, Big Robot Bil, usaron una "semilla de vida" para crear Klaymen. Ahora, Klaymen debe viajar por el misterioso mundo que es Neverhood, resolver acertijos, destronar a Klogg, revivir a Hoborg de su largo sueño y salvar Neverhood.