Molto tempo fa, un misterioso essere noto come Hoborg creò un mondo chiamato Neverhood, fatto interamente di una strana sostanza nota come "Klay". Tuttavia, Hoborg era solo e, usando un mistico "seme di vita", creò un "uomo Klay" che chiamò Klogg. Klogg era malvagio, tuttavia, e rubò la mistica corona di Hoborg, che era il suo segreto per la vita; senza di essa, cadde in un sonno profondo. Fortunatamente, Willie Trombone e il suo amico, Big Robot Bil, hanno usato un "seme di vita" per creare Klaymen. Ora, Klaymen deve viaggiare attraverso il misterioso mondo che è, l'Isola che non c'è, risolvere enigmi, detronizzare Klogg, rianimare Hoborg dal suo lungo sonno e salvare l'Isola che non c'è.