Há muito tempo, um ser misterioso conhecido como Hoborg criou um mundo chamado Neverhood, feito inteiramente de uma substância estranha conhecida como "Klay". No entanto, Hoborg estava sozinho e, usando uma "semente de vida" mística, criou um "homem Klay" que ele chamou de Klogg. Klogg era mau, no entanto, e roubou a coroa mística de Hoborg, que era seu segredo para a vida; sem ele, ele caiu em um sono profundo. Felizmente, Willie Trombone e seu amigo, Big Robot Bil, usaram uma "semente de vida" para criar Klaymen. Agora, Klaymen deve viajar através do mundo misterioso que é, o Neverhood, resolver quebra-cabeças, destronar Klogg, reviver Hoborg de seu longo sono e salvar o Neverhood.