Han pasado dos años desde la incursión del CCG en Anteiku. Aunque la atmósfera en Tokio ha cambiado drásticamente debido a la mayor influencia del CCG, los ghouls continúan planteando un problema ya que han comenzado a tomar precauciones, especialmente la organización terrorista Aogiri Tree, que reconoce la creciente amenaza del CCG a su existencia. La creación de un equipo especial, conocido como Quinx Squad, puede proporcionar al CCG el impulso que necesitan para exterminar a los residentes no deseados de Tokio.