Sono passati due anni dall'incursione del CCG all'Anteiku. Sebbene l'atmosfera a Tokyo sia cambiata drasticamente a causa della maggiore influenza del CCG, i ghoul continuano a rappresentare un problema mentre hanno iniziato a prestare attenzione, in particolare l'organizzazione terroristica Aogiri Tree, che riconosce la crescente minaccia del CCG alla loro esistenza. La creazione di una squadra speciale, nota come Squadra Quinx, potrebbe fornire al CCG la spinta di cui ha bisogno per sterminare i residenti indesiderati di Tokyo.