Dois anos se passaram desde a invasão do CCG em Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido ao aumento da influência do CCG, os ghouls continuam a representar um problema, pois começaram a tomar cuidado, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG à sua existência. A criação de uma equipe especial, conhecida como Esquadrão Quinx, pode fornecer ao CCG o empurrão de que precisa para exterminar os residentes indesejados de Tóquio.