Après avoir surmonté d'innombrables batailles intenses avec des ennemis puissants, le moment est enfin venu pour Baki d'affronter son père, Yujiro Hanma, qui serait "la créature la plus forte sur Terre". Avant cette bataille, Baki choisit Biscuit Oliva également connu sous le nom de M. Unchained comme partenaire d'entraînement approprié. Oliva est actuellement incarcérée dans une prison appelée le "Pentagon noir", qui abrite uniquement les criminels les plus violents. Afin de combattre Oliva, Baki se fait emprisonner dans le Pentagone noir. Cependant, en plus de son partenaire d'entraînement désiré, un certain nombre de combattants terrifiants l'attendent également ici.