Pendant des siècles, les cocons des Dropas sont restés dormants jusqu'à ce qu'ils soient libérés des profondeurs de l'océan par une explosion nucléaire soviétique. Les extraterrestres ont été intégrés dans la société comme main-d'œuvre esclave mais en quelques années, un virus mortel s'est propagé dans le Territoire de l'Ouest, tuant des millions d'humains. Le gouvernement a accusé la contagion des spores des cocons des Dropas. En réponse, une escouade militaire secrète connue sous le nom de la Légion a été formée pour exterminer la menace alien.
Situé dans une Amérique communiste d'histoire alternative cinq ans plus tard, Dropa commence alors que Monroe, un ancien membre de la Légion, est brutalement assassiné dans une ruelle à l'extérieur d'un bar par un Dropa renégat nommé Mikhail. Le meilleur des anciens traqueurs de la Légion, Harrison, est contraint de sortir de sa retraite par le Parti pour éliminer l'alien rapidement et discrètement. Il commence sa chasse en interrogeant Yelena, une barmaid travaillant la nuit du meurtre de Monroe. Il découvre qu'elle fait partie d'une résistance clandestine sympathisante des Dropas et qu'elle nourrit une vendetta contre le gouvernement pour la mort de ses parents. Yelena révèle l'emplacement de Mikhail et que les Dropas lui avaient donné un message pour Monroe, "Il y a un traître parmi la Légion".
Harrison suit les informations de Yelena avec le propriétaire de Mikhail, Jin, et commence bientôt à se rapprocher de sa cible. Sa recherche est aidée par des secrets surprenants sur les Dropas d'Arthur, un autre membre de la Légion. Les révélations d'Arthur à Harrison et le besoin de vengeance de Mikhail mènent tous deux à une bataille finale qui dévoilera les secrets de l'identité de Harrison, fusionnera son passé et son présent et le plongera dans un avenir devenu à la fois plus clair et plus trouble à la fois. Harrison sera contraint de décider comment exister dans un monde où la peur est une arme, les mensonges sont déguisés en vérité et des populations entières sont jetables.