Cette série met en scène les personnages des deux mini-séries sur des extraterrestres venant sur Terre en prétendant être des amis mais ayant en réalité un motif caché. Les extraterrestres ont peut-être été battus dans les mini-séries, mais il en reste encore beaucoup. Dans cette série, Nathan Bates, l'industriel qui fabrique l'arme biologique qui a été utilisée pour vaincre les extraterrestres, veut mettre la main sur la technologie des extraterrestres, afin de pouvoir en tirer profit, il conclut un accord avec Diana, la chef extraterrestre. Les leaders rebelles, Mike Donovan, Ham Tyler et Julie Parish savent que Diana ne peut pas être de confiance, donc ils essaient constamment de découvrir ce que Diana trame et de l'arrêter.