Il y a des années, tous les fantômes d'une école hantée ont été bannis par un certain élève. Maintenant, ils sont de retour et ils veulent se venger - Satsuki et Keiichirou Miyanoshita sont deux frères et sœurs qui se remettent de la perte tragique de leur mère. Après avoir déménagé dans la ville natale de leur mère, ils apprennent que l'école locale dans laquelle ils ont été transférés est un ancien bâtiment, dont on dit qu'il est hanté. Bien qu'ils aient d'abord considéré cela comme une rumeur idiote, les deux découvrent rapidement que les fantômes sont bien réels et qu'ils en ont après eux. Gakkou no Kaidan est l'histoire effrayante de la vie de ces frères et sœurs et de leurs nouveaux amis alors qu'ils tentent de survivre aux fantômes de l'école, avec un peu d'aide de leur chat en cours de route.