Vor Jahren wurden alle Geister in einem verfluchten Schulhaus von einem bestimmten Schüler verbannt. Jetzt sind sie zurück – und sie wollen Rache – Satsuki und Keiichirou Miyanoshita sind zwei Geschwister, die sich von dem tragischen Verlust ihrer Mutter erholen. Nachdem sie in die Heimatstadt ihrer Mutter gezogen sind, erfahren sie, dass die örtliche Schule, in die sie gewechselt sind, ein altes Gebäude ist, von dem es heißt, dass es dort spukt. Obwohl sie es zunächst als dummes Gerücht abtun, entdecken die beiden bald, dass Geister tatsächlich real sind und dass sie hinter ihnen her sind. Gakkou no Kaidan ist die gruselige Geschichte über das Leben dieser Geschwister und ihrer neu gefundenen Freunde, die versuchen, die Geister der Schule zu überleben – mit ein wenig Hilfe von ihrer Hauskatze.