Yıllar önce, perili bir okul evindeki tüm hayaletler belli bir öğrenci tarafından kovuldu. Şimdi geri döndüler ve intikam almak istiyorlar - Satsuki ve Keiichirou Miyanoshita, annelerini trajik bir şekilde kaybetmekten kurtulan iki kardeştir. Annelerinin memleketine taşındıktan sonra, transfer oldukları yerel okulun perili olduğu söylenen eski bir bina olduğunu öğrenirler. İlk başta saçma bir söylenti olarak savuşturmalarına rağmen, ikisi çok geçmeden hayaletlerin gerçekten gerçek olduğunu ve onların peşinde olduklarını keşfeder. Gakkou no Kaidan, bu kardeşlerin ve yeni keşfettikleri arkadaşlarının, yol boyunca evcil kedilerinden biraz yardım alarak okulun hayaletlerinden kurtulmaya çalışırken hayatlarının ürkütücü hikayesidir.