Dans un avenir lointain, la guerre et la paix marchent côte à côte dans le lieu pseudo-utopique appelé Jesus Town (anciennement Jérusalem), gouverné par un beau mais cruel séraphin nommé Girjev et son compagnon androïde, Mikhail, aspirent à la paix totale. Scellé loin de la civilisation il y a longtemps se trouve un androïde, nommé Hakaider. Comme sa mémoire est rouillée, il ne connaît pas son véritable objectif. Après son combat avec les motards de Jesus Town, Kaoru et sa bande de rebelles le retrouvent. Il redevient fou et commence à fouetter les rebelles un par un, pour les faire tuer par d'autres soldats de Girjev, tous sauf Kaoru. Hakaider retrouve alors sa mémoire, grâce à Kaoru, qu'il commence à aimer et promet de libérer Jesus Town de Girjev et Mikhail.