Après avoir suivi le conseil de Skipper le pingouin de sortir du zoo de Central Park à New York, Marty, le zèbre ennuyé et abattu, avec ses compagnons--Alex, le lion content ; Melman, la girafe capricieuse, et Gloria, l'hippopotame résolu, se retrouvent dans un environnement complètement différent. Immergés dans le Madagascar luxuriant et exotique à l'occasion de la célébration du dixième anniversaire de Marty, les visiteurs choyés doivent courir, sauter, rugir et se cacher pour avoir une chance de survivre dans la nature. Les bons amis rentreront-ils un jour chez eux ?