Persona 4 Golden se déroule dans une campagne japonaise fictive et est indirectement lié aux jeux Shin Megami Tensei: Persona 3 et Persona 2. Le protagoniste principal nommé par le joueur est un lycéen qui a quitté la ville pour vivre à la campagne pendant un an. Au cours de son séjour d'un an, il s'implique dans l'enquête sur des meurtres mystérieux tout en exploitant le pouvoir d'invoquer Persona.