Persona 4 Golden spielt in einer fiktiven japanischen Landschaft und ist indirekt sowohl mit Shin Megami Tensei: Persona 3 als auch mit den Persona 2-Spielen verbunden. Der vom Spieler genannte Hauptprotagonist ist ein Gymnasiast, der für ein Jahr aus der Stadt aufs Land gezogen ist. Während seines einjährigen Aufenthalts wird er an der Untersuchung mysteriöser Morde beteiligt, während er die Macht der Beschwörung von Persona nutzt.