Au XVIIe siècle, un navire hollandais sillonne le Pacifique depuis les Amériques afin d'échapper aux Espagnols. Le pilote-major John Blackthorne (Richard Chamberlain) est le pilote du navire et le premier à réaliser les possibilités du Japon. Le Japon est une société féodale qui a une forte présence des Portugais. Une lutte est en cours pour savoir qui sera le Shogun, le chef qui, sous l'Empereur, gouvernera le pays. Lord Yoshi Toranaga (Toshirô Mifune) voit dans Blackthorn des choses qu'il peut utiliser pour au moins survivre à la lutte à venir, et si les deux jouent correctement leurs mains, devenir Shogun.