On yedinci yüzyılda, bir Hollanda gemisi İspanyollardan kaçmak için Amerika'dan Pasifik'e yelken açar. Pilot Binbaşı John Blackthorne (Richard Chamberlain) geminin pilotudur ve Japonya'nın olanaklarını ilk fark eden kişidir. Japonya, güçlü bir Portekiz varlığına sahip feodal bir toplumdur. İmparatorun emrinde ülkeyi yöneten lider olan Shogun'un kim olacağı konusunda son aşamalarda bir mücadele var. Lord Yoshi Toranaga (Toshirô Mifune), Blackthorn'da en azından gelecek mücadelede hayatta kalmak için kullanabileceği ve her ikisi de ellerini doğru oynarsa Shogun olabileceği şeyler görür.