Sonic the Hedgehog et ses acolytes Tails et Knuckles the Echidna sont déterminés à contrecarrer un plan qui transformerait leur pays du ciel en l'équivalent du pays des ténèbres, qui se cache sous la surface (et est évidemment l'ancienne planète Terre). Alors ils se rendent au centre de la planète et dans l'ancienne ville de Robotropolis (l'ancienne ville de New York ?) pour mener une juste bataille. La grande question du jour est de savoir si le Dr Robotnik, habituellement malfaisant, dit la vérité pour une fois ou envoie les gentils dans un piège.