2009. Un an avant que Toma Saya et Sebumi Takeru ne se rencontrent. Toma Saya vient de rentrer au Japon après avoir reçu une formation du FBI et a commencé à travailler sur des affaires froides au Bureau de la sécurité publique. Enquêtant sur une affaire où des cadres de haut niveau d'une compagnie pétrolière sont mystérieusement morts parce que leurs cœurs ont été tordus par quelqu'un, Toma Saya a rencontré Ninomae Juichi, l'ennemi qui continuera à la défier ainsi que Sebumi Takeru. À partir de là, l'histoire de SPEC commence.