Le sergent Cortez est en mission dans le temps pour sauver toute l'humanité... si le temps ne finit pas par le tuer en premier. Envoyé pour annuler la menace TimeSplitter avant que la menace ne se manifeste dans le temps présent, Cortez voyage dans six périodes différentes pour retrouver Jacob Crow, un génie fou qui a mené ses expériences scientifiques perverses pendant deux siècles et a créé les créatures TimeSplitter. Dans une course contre la montre, c'est à Cortez d'arrêter Crow, ou toute l'humanité en subira les conséquences.