Cinq ans après la rébellion sur Mars, Alias, un soldat employé par le Chancelier Sopot, vole la nanotechnologie que Sopot utilise pour transformer ses hommes en super soldats. Il voit ce qu'il a créé et en a peur. Il ordonne leur mort. 2 000 soldats sont tués par la garde d'élite de Sopot. Cependant, six soldats survivent. Il s'agit de Molov, le chef de l'escouade; Shrike, spécialiste des véhicules; Tangier, spécialiste de la furtivité; Repta, spécialiste des armes lourdes; Quill, tireur d'élite expert; et Alias, spécialiste des explosifs. Alias suit et parvient à faire exploser Sopot par vengeance dans un silo de missiles, mais les choses tournent mal lorsque Molov décide de devenir le nouveau chancelier avec la Red Faction, avec laquelle ils s'étaient précédemment alliés, étant massacrée. Repta, Quill et Shrike se joignent à lui, mais Alias, Tangier et Echo, leader de la Red Faction, ne le font pas. Ensuite, la ville est attaquée par la Red Faction. Molov prévoit de créer des super soldats nanotechnologiques. Echo est ensuite abattue par un tir de rail par Quill. Alias la retrouve et la tue. Ensuite, il se rend à une statue de Sopot, où se trouve le laboratoire de nanotechnologie. Il tire Repta dans un processeur industriel. Lorsqu'il est sur le point d'atteindre Molov, Repta réapparaît déformé mais amélioré. Alias tire sur Repta, qui a une migraine et explose. Finalement, Alias et Tangier rattrapent Molov. Shrike trahit Molov et vient en aide à Alias. Tangier saute de la statue avec le Nanocell. Alias tue Molov et s'échappe avec l'aide de Shrike.