Sergeant Cortez ist auf einer Mission in der Zeit zurück, um die gesamte Menschheit zu retten ... wenn die Zeit ihn nicht zuerst umbringt. Cortez wurde ausgesandt, um die Bedrohung durch TimeSplitter rückgängig zu machen, bevor sich die Bedrohung in der Gegenwart manifestiert, und reist in sechs verschiedene Zeiträume, um Jacob Crow aufzuspüren, ein verrücktes Genie, das seine perversen wissenschaftlichen Experimente über zwei Jahrhunderte hinweg durchgeführt und die TimeSplitter-Kreaturen geschaffen hat. In einem Wettlauf gegen die Zeit liegt es an Cortez, Crow aufzuhalten, oder die gesamte Menschheit trägt die Konsequenzen.