Dopo gli eventi sul ringworld Forerunner Halo, Master Chief SPARTAN-117 torna a casa sulla Terra con il costrutto AI Cortana. La guerra con le forze Covenant non sta ancora andando bene, nonostante la distruzione di un'intera flotta ad Halo, ma Master Chief ha bisogno di una riparazione. Armato con l'armatura Mjolnir Mark VI, è diretto a una cerimonia di addobbi con il presunto sergente Johnson, quando le forze Covenant emergono dallo Slipstream nello spazio terrestre. Ma qualcosa non va: la flotta è molto più piccola di quella usata per distruggere Reach, l'ex roccaforte dell'umanità in prima linea. Il Master Chief e Cortana, insieme al Comandante Miranda Keyes e all'equipaggio di In Amber Clad, devono combattere i Covenant e proteggere la Terra, una battaglia che li porterà attraverso la galassia su un nuovo pianeta, che è inquietantemente familiare ... Nel frattempo , i Profeti, i leader dell'Alleanza, non sono contenti del Comandante d'Elite che ha permesso a Master Chief di distruggere Halo, ed è etichettato come un eretico ...