Após os eventos no Forerunner ringworld Halo, Master Chief SPARTAN-117 retorna para casa na Terra com a construção AI Cortana. A guerra com as forças Covenant ainda não está indo bem, apesar da destruição de uma frota inteira em Halo, mas o Master Chief precisa de uma reforma. Armado com a armadura Mjolnir Mark VI, ele está a caminho de uma cerimônia de condecoração com o sargento Johnson, que acredita-se estar morto, quando as forças do Covenant emergem do Slipstream para o espaço da Terra. Mas algo está errado: a frota é muito menor do que a usada para destruir Reach, a antiga fortaleza da linha de frente da humanidade. O Master Chief e Cortana, junto com a Comandante Miranda Keyes e a tripulação do In Amber Clad, devem lutar contra o Covenant e proteger a Terra, uma batalha que os levará através da galáxia para um novo planeta, que é perturbadoramente familiar ... Enquanto isso , os Profetas, líderes do Covenant, não estão satisfeitos com o Comandante de Elite que permitiu ao Master Chief destruir Halo, e ele é considerado um herege ...