I guerrieri chiamati "Santi" sono i campioni della speranza che sono sempre apparsi dall'Età del Mito ogni volta che il male minaccia il mondo. In questa storia di oggi, a molti anni dalla lunga "Guerra Santa" combattuta, troviamo Saori Kido, una ragazza turbata dai suoi misteriosi poteri. Viene salvata da un ragazzo, Seiya "Bronze Saint" da un attacco improvviso di un assassino, attraverso l'incidente Saori realizza il suo destino e la sua missione e decide di andare al "Sanctuary" con Seiya e la sua compagnia di Bronze Saints. In Sanctuary affrontano "Pope" e ingaggiano una battaglia disperata contro i più grandi Santi, i "Gold Saints".