Macross 7 è ambientato anni dopo la guerra spaziale iniziale e la pace con la razza aliena dei Zentrani. Una nuova flotta di navi di colonizzazione, ognuna contenente una città, si mette in viaggio alla ricerca di un nuovo pianeta su cui insediarsi.
Guidata dal Capitano Maximillion Sterling, responsabile dell'escort militare, e da sua moglie separata, Myrira Genus, Sindaco della città chiave di Macross 7 e consigliata da Exedore, l'originale consigliere Zentrani, la flotta deve raggiungere questo obiettivo nonostante la grave minaccia di un nuovo nemico che attacca costantemente la flotta cercando di conquistare la popolazione umana per i propri sinistri scopi.
Il numero e la potenza del nemico sembrano schiaccianti, ma la flotta terrestre ha un grande vantaggio tutto suo. Una band rock chiamata Firebomber, guidata da Nikki Basara e dalla figlia dei Sterling, possiede il raro e potente talento musicale che ha già cambiato le sorti della battaglia a favore della Terra in passato.
Ora la band deve svolgere un ruolo critico in una guerra in cui i cantanti sono guerrieri e la musica può essere l'arma più preziosa di tutte.