Macross 7 se sitúa años después de la guerra espacial inicial y la paz con la raza alienígena Zentrani. Una nueva flota de naves de colonización, cada una conteniendo una ciudad, se embarca en la búsqueda de un nuevo planeta para establecerse.
Liderada por el Capitán Maximillion Sterling a cargo de la escolta militar y su esposa separada, Myrira Genus, Alcaldesa de la ciudad clave de Macross 7 y asesorada por Exedore, el asesor original Zentrani, la flota debe lograr este objetivo a pesar de la grave amenaza de un nuevo enemigo que ataca constantemente la flota buscando conquistar a la población humana para sus propósitos siniestros.
Los números y la fuerza del enemigo parecen abrumadores, pero la flota de la Tierra tiene una gran ventaja propia. Una banda de rock llamada Firebomber, liderada por Nikki Basara y la hija de los Sterling, tiene el raro y poderoso talento musical que ha cambiado el rumbo de la batalla a favor de la Tierra en el pasado.
Ahora la banda debe desempeñar un papel crítico en una guerra donde los cantantes son guerreros y la música puede ser el arma más valiosa de todas.