Macross 7 spielt Jahre nach dem ersten Weltraumkrieg und dem Frieden mit der außerirdischen Rasse der Zentrani. Eine neue Flotte von Kolonisationsschiffen, die jeweils eine Stadt enthalten, macht sich auf die Suche nach einem neuen Planeten, um sich niederzulassen.
Geleitet von Captain Maximillion Sterling, der für den militärischen Eskort zuständig ist, und seiner entfremdeten Frau Myrira Genus, der Bürgermeisterin der Schlüsselstadt Macross 7, beraten von Exedore, dem ursprünglichen Zentrani-Berater, muss die Flotte dieses Ziel erreichen, trotz der ernsten Bedrohung durch einen neuen Feind, der die Flotte ständig angreift, um die menschliche Bevölkerung für ihre eigenen finsteren Zwecke zu erobern.
Die Zahl und Macht des Feindes scheinen überwältigend zu sein, aber die Erdflotte hat einen großen Vorteil. Eine Rockband namens Firebomber, angeführt von Nikki Basara und der Tochter der Sterlings, hat das seltene und mächtige musikalische Talent, das in der Vergangenheit den Krieg zu Gunsten der Erde gewendet hat. Jetzt muss die Band eine entscheidende Rolle in einem Krieg spielen, in dem Sänger Krieger sind und Musik die wertvollste Waffe von allen sein kann.