Il video musicale di "Bedtime Story" è stato diretto da Mark Romanek ed è elencato come uno dei video musicali più costosi di tutti i tempi con un costo di 5 milioni di dollari (8,03 milioni di dollari nel 2017). Presenta immagini surreali e new age, con influenze di artisti come Remedios Varo, Frida Kahlo e Leonora Carrington. Il video ha ricevuto il plauso della critica ed è permanentemente esposto al Museum of Modern Art di New York City.