Avvenuto un secolo dopo "Mega Man X5", il mondo era in pace. Tuttavia, Mega Man X ha iniziato a terminare i reploid innocenti per garantire che non ci siano Maverick che attaccano gli innocenti. Nel disperato tentativo di porre fine al conflitto, uno scienziato umano di nome Ciel cerca il leggendario Zero. Zero viene subito svegliato da Ciel, ma ha una perdita di memoria. Zero deve aiutare le nuove forze della Resistenza, sconfiggere X e scoprire la sua vera identità. Zero sa che Neo Arcadia, che governa X, è una copia creata da Ciel poco dopo la scomparsa del vero Mega Man X.