Teniendo lugar un siglo después de 'Mega Man X5', el mundo estaba en paz. Sin embargo, Mega Man X comenzó a eliminar a los reploids inocentes para asegurarse de que no habrá ningún Mavericks atacando a los inocentes. En un intento desesperado por poner fin al conflicto, un científico humano llamado Ciel busca al legendario Zero. Zero se despierta poco después de Ciel, pero tiene una pérdida de memoria. Zero debe ayudar a las fuerzas de la Resistencia recién formadas, derrotar a X y descubrir su verdadera identidad. Poco sabe Zero que el X que gobierna Neo Arcadia es una copia creada por Ciel poco después de la desaparición del verdadero Mega Man X.