Dopo la Guerra di un anno e le guerre successive con gli ultimi resti del Principato di Zeon, la Federazione Terrestre ha formato una forza militare speciale per impedire che le colonie spaziali si ribellassero contro la Federazione. Così sono nati i Titani. Sono passati otto anni dalla fine della Guerra di un anno e ora i tavoli si sono girati. La Federazione Terrestre, una volta buona, è ora più corrotta che mai e volterà lo sguardo dall'altra parte anche quando la sua forza speciale, i Titani, commette atrocità come il gasaggio di milioni di civili fino alla morte.
A causa di questo abuso di autorità è stata formata il Gruppo Anti-Unione Terrestre (AEUG) dalla scissione di molti politici e militari della Federazione che si oppongono ai Titani, e si alleeranno con ex membri del Principato di Zeon, che disprezzano l'oppressione e la tirannia verso le colonie spaziali. Qui inizia la storia. Molti eroi della Guerra di un anno, come Amuro Ray, Char Aznable, Bright Noa, Hayato Kobayashi e Quattro Bajeena (Char Aznable), così come nuovi eroi (Camille Vidan, Emma Sheen, Katz Kobayashi) combatteranno contro i Titani Bask Ohm, Jerid Mesa, Paptimus Scirocco e Yazan Gable, e contro l'Asse (ex Zeon) Haman Kahn, per vedere chi vincerà la guerra per porre fine alla tirannia.