Depois da Guerra de Um Ano e das guerras subsequentes com os últimos remanescentes do Principado de Zeon, a Federação da Terra formou uma força militar especial para evitar que as colônias espaciais se revoltassem contra a Federação. Assim nasceram os Titãs. Passaram-se oito anos desde o fim da Guerra de Um Ano e agora as mesas se viraram. A antiga boa Federação da Terra está agora mais corrupta do que nunca e vai virar as costas mesmo quando sua força especial, os Titãs, cometem atrocidades como gasear milhões de civis até a morte.
Devido a esse abuso de autoridade, o Grupo Anti-União da Terra (AEUG) é formado a partir da dissidência de muitos políticos e militares da Federação que se opõem aos Titãs, e eles se aliarão a ex-membros do Principado de Zeon, que não gostam da opressão e tirania em relação às colônias espaciais. É aqui que a história começa. Muitos heróis da Guerra de Um Ano, como Amuro Ray, Char Aznable, Bright Noa, Hayato Kobayashi e Quattro Bajeena (Char Aznable), bem como novos heróis (Camille Vidan, Emma Sheen, Katz Kobayashi), lutarão contra os Titãs Bask Ohm, Jerid Mesa, Paptimus Scirocco e Yazan Gable, e contra a Axis (ex-Zeon) Haman Kahn, para ver quem vencerá a guerra para acabar com a tirania.